Aguanil recebeu status de município pela lei estadual nº 2764 de 30 de dezembro de 1962, com território desmembrado de Campo Belo.
Acredita-se terem sido os índios Cataguases os primitivos habitantes da região de Campo Belo, de onde se desmembrou o município de Aguanil.
Sabe-se que os primitivos habitantes brancos foram os senhores Joaquim Montenegro Sales e Evaristo Pimenta dos Reis, que erigiram um cruzeiro no local onde hoje se situa o município de Aguanil. Posteriormente, Herculano Pimenta dos Reis e Maria Claudina de Jesus, doaram uma quarta de terras, onde foi construída uma capela pelas famílias Pimenta, Alves, Felício e Silva. Em torno da capela, dedicada a Nossa Senhora Aparecida, formou-se o arraial, tendo como causa principal o desenvolvimento da agricultura e da pecuária. A localização do povoado, ao longo da estrada que ligava a cidade de Campo Belo ao Porto do Jacaré, antigo embarcadouro fluvial no Rio Grande, ligando o sul com o oeste de Minas, foi fator determinante do crescimento do povoado.
A origem do topônimo deve-se ao Ribeirão que corta a cidade e que chama-se Água Limpa. Por transferência de sentido, o município recebe o nome de Aguanil, ou seja águas azuis, claras. Gentílico: aguanilense.
Distrito criado com a denominação de Aguanil (ex-povoado de Água Limpa, pela lei nº 336, de 27 de julho de 1948, subordinado ao município de Campo Belo. Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Aguanil, figura no município de Campo Belo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960. Elevado à categoria de município com a denominação de Aguanil, pela lei estadual nº 2764, de 30 de dezembro de 1962, desmembrado de Campo Belo. Sede no antigo distrito de Aguanil. Constituído do distrito sede. Instalado em 1 de março de 1963. Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial de 2007.
